どうもアドオン「Configuration Mania」の設定のせいだったことが判明し、設定を「標準に戻す」事で、webclipperの設定が保存出来るようになりました。google検索やYoutube,amazonでポップアップがでて鬱陶しい方は、Configuration Maniaが入っていないか見てみて下さい。