As already written to quite some comments, the normal deletion speed is several thousands bookmarks per second. A considerable slower speed is almost certainly due to a bad configuration, e.g. another extension which plugs into the bookmark API and takes time for every bookmark deletion. You might want to retry with a plain firefox configuration (after saving and restoring only your bookmarks). BTW, the code for the chrome and firefox extension of Bookmark Dupes is practically identical as you can see on github.

Wie schon mehrmals geschrieben ist die normale Geschwindigkeit beim Löschen mehrere hundert/tausend Lesezeichen pro Sekunde - eigentlich nicht merkbar. Bis jetzt habe ich noch kein bei mir reproduzierbares Beispiel von deutlich langsamerem Verhalten gefunden. Wenn Du technisch genügend Erfahrung hast, kannst Du mal versuchen, die Lesezeichen als Datei zu exportieren und die alte Firefox-Konfiguration komplett zu löschen (d.h. die zugehörigen Dateien mal komplett verschieben) und dann im jungfräulichen Firefox nur diese Erweiterung und Lesezeichendatei zu benutzen um zu testen, ob es wirklich an der Erweiterung liegt (und auf diese Art zumindest eine Lesezeichendatei ohne Duplikate zu erhalten).

The normal deletion speed is some hundred bookmarks per seconds. If it is considerably slower then very likely the cause is some bad configuration. An example might be another bookmark related addon is installed which slows down the process.