Добавьте возможность использовать\отключать прокси по каким-то внутренним признакам (по имени компа или подсети).
Настройки синхронизируются между машинами, но одна из них не может использовать прокси, так как находится на стороне прокси.
По имени компа если получится отключать прокси - будет отлично.