Насколько я понял, нельзя задать правило "для всех в доменной зоне первого уровня .i2p использовать локальный прокси с указанным портом, а для остальных - автоконфигуратор https://.../proxy.pac". Даже просто привязать авконфигуратор к пункты выпадающего списка нельзя, только сервер:порт.