ファイルの文字数制限に引っかかってしまうものがあった場合の対応策も設定できると嬉しいです。

fanboxの任意の作品ページを開いて、画面上のなにもないところで右クリックすることで「ページを保存」コマンドが出ます。
保存した作品データは標準のダウンロードフォルダにて、作者ごとにフォルダ分けされ、リネームされます。

使い方はシンプルでしたが少しわかりにくいのと、作品ごとにフォルダ分けしてくれたらなお良かったな、という感想です。